A continuación les dejo un código para mostrar las carpetas y archivos ocultos.

Recuerda que la máquina infectada oculta las carpetas y archivos, NO los borra, AUN

@echo off

title Memoria Flash MV
color 1E
@echo ----------------------------------------------
@echo ---- REPARACION DE FICHEROS MEMORIA FLASH ----
@echo ----------------------------------------------
@echo Cambiando Atributo de Carpetas
Attrib /s /d -r -h -s *.* 
@echo ----------------------------------------------
@echo Eliminado Accesos Directos
if exist *.lnk del *.lnk 
@echo ----------------------------------------------
@echo Eliminado Autorun
if exist autorun.inf del autorun.inf 
@echo ----------------------------------------------
@echo Eliminado Archivos .vbs
if exist maradona.vbs del maradona.vbs
if exist shakira.vbs del shakira.vbs
@echo ----------------------------------------------
@echo Operacion OK...
@echo ----------------------------------------------
@echo ----------------------------------------------
@echo Modificado por 123virtual.com
@echo ----------------------------------------------
pause

Este código debes copiarlo en un archivo del bloc de notas y guardarlo en la Memoria Flash, utilizando la extensión .bat

Ejemplo:

Reparaficheros.bat

Puedes también download de aquí, no te olvides de guardarlo como reparaarchivos.bat en tu memoria flash

Luego abre la memoria flash y ejecuta el archivo recién creado.

Suerte, coméntanos si pudiste lograrlo